أكدت الأبحاث العملية أهمية نبات الزعتر و فوائده الطبية في شفاء كثير من الأمراض و من أهمها :
أمراض الجهاز التنفسي مثل السعال الديكي و الإلتهابات الشعبية والربو وفي هذه الحالة يعمل الزعتر على تلين المخاط الشعبي مما يسهل طرده للخارج كما يهدئ الشعب الهوائية و يلطفها و إن مغلى الزعتر الممزوج بالعسل يعطي نتائج ممتازة في حالة إلتهاب الشعب التنفسية .
تقوية الجهاز المناعي : حيث يحتوي نبات الزعتر على مواد شديدة تعمل على تقوية الجهاز المناعي لدى الإنسان و يساعد على زيادة فعاليته إضافة بعض المكونات الأخرى مثل غذاء الملكات و حبة البركة و الزنجبيل و كذلك إذا إستخدم مع الثوم و حبة البركة و العسل كما يحتوي على بعض المواد شديدة الفاعلية حيث يحتوي على مواد لها خاصية مسكنة للألم و مطهرة و منشطة للدورة الدموية. كما ينشط الزعتر كل الوظائف المضادة للتسمم و يسهل إفراز العرق و يدر البول و الزعتر يحتوي على مواد راتنجية مقوية للعضلات و تمنع تصلب الشرايين و يعمل على توسيع الشرايين و تقوية عضلات القلب و يعالج على إلتهابات المسالك البولية و المثانة و يشفي من مرض المغص الكلوي و يخفض الكوليسترول.
فاتح للشهية : الزعتر يعمل على تنبيه المعدة و طرد الغازات و يمنع التخمرات و يساعد الهضم و إمتصاص المواد الغذائية و طرد الفطريات من المعدة و الأمعاء إلى جانب أنه يزيد الشهية لتناول الطعام فهو يحتوي على مادة الثيمول التي تعمل على قتل الميكروبات و تطرد الطفيليات من المعدة إظافة إلى مادة " الكارفكرول " و هي مسكنة و مطهرة و طاردة للبلغم و مضادة للنزيف و الإسهال أضف إلى أن الزعتر ملطف للأغذية و إذا وضع مع الخل لطف اللحوم و أكسبها طعما أفضل.
و يعد الزعتر أيضا طاردا للديدان فقد أثبتت التجارب العلمية أن زيت الزعتر يقتل الأميبا المسببة للدوسنتاريا في فترة قصيرة و يبيد جراثيم القولون . وهو يزيد في وزن الجسم لأنه يساعد على الهضم و إمتصاص المواد الدهنية.
و يجب أن نضيف أن الزعتر قد يسبب الإمساك ( القبض ) أحيانا فيفضل أخذه مع زيت الزيتون.
مضاد للأكسدة : و ذكر أن الزعتر يحتوي أيضا على مواد مضادة للأكسدة مما يمكن الإستفادة منه بإضافة زيت الزعتر إلى المواد الغذائية المعلبة مثل ( علب السمن ) ليمنع الأكسدة بدلا من إضافة مواد صناعية قد تضر بصحة الإنسان.